2044年的纽约,反派兰格与外星邪恶势力勾结,试图毁灭地球。大量外星人通过神秘的传送门入侵,将城市化为灰烬。忍者神龟尽管顽强抵抗,但还是败给了敌人的攻势,造成了重大伤亡。抱着忍者最强大武器的希望,忍者神龟们决定回到过去的时空,找到打开传送门的钥匙,阻止兰格并恢复世界和平。作为列奥纳多的弟子,凯西肩负起了这一使命。他在过去的时空里成功结识了女记者艾普丽尔·奥尼尔,并与“忍者神龟”莱昂纳多、米开朗基罗、拉斐尔和多那太罗联手,开始了拯救世界的行动。“我们的未来,我们自己决定”忍者神龟向兰格发起了终极挑战。